Kulturhistorisches Museum

Das Haupthaus der Mühlhäuser Museen stellt in drei Ausstellungsbereichen die Kulturgeschichte der Stadt und Region vor: "UNSTRUTH-HAINICH tiefgründig" zeigt die ur- und frühgeschichtliche Besiedlung des Unstrut-Hainich-Kreises, die jüngere Kunstgeschichte Thüringens präsentiert das "KunstLAND Thüringen".
Die "Mühlhäuser STADTgeschichten" erklären im ersten Raum die „Freie Reichsstadt“ als eigenständiges rechtlich-politisches Modell. Die bedeutende Kirchengeschichte der alten Reichsstadt wird im zweiten Raum dargestellt. Im Themenraum „BürgerSTADT“ stehen neben historischen Ereignissen vor allem besondere Persönlichkeiten, Vereine und lokale Traditionsfeste im Fokus. Zwei weitere Bereiche zur Stadtgeschichte folgen.

St. Marien, Müntzergedenkstätte

Das seit 1975 als Museum genutzte Architektur- und Geschichtsdenkmal St. Marien widmet sich mit der Müntzergedenkstätte auf 100 Quadratmetern Ausstellungsfläche Leben und Werk des Predigers und Reformators Thomas Müntzer, der 1524/25 seine Ideen in der Freien Reichsstadt Mühlhausen verkündete. Zudem erläutert die Ausstellung sein angespanntes Verhältnis zu Martin Luther und gibt überdies Auskunft über das Fortleben Müntzers in der Erinnerungskultur vor allem der DDR. Daneben informiert die Dauerausstellung über die Baugeschichte der Kirche mit dem höchsten Turm Thüringens sowie über historische Steinmetzkunst.

Bauernkriegsmuseum Kornmarktkirche

Die vollkommen neu überarbeitete Ausstellung in der ehemaligen Klosterkirche am Kornmarkt soll an die theologischen Mitstreiter Martin Luthers erinnern, die von der reinen lutherischen Lehre abwichen oder eigene reformatorische Ideen verfolgten und bisher weitestgehend im Schatten des großen Reformators standen, wie Jakob Strauß, Fritz Erbe oder Andreas Bodenstein von Karlstadt. Die deutschlandweit umfassendste Exposition zu diesem Thema informiert außerdem über Verlauf, Höhepunkte und Nachwirkungen des Deutschen Bauernkrieges im Kontext der Zeit und seine Rezeptionsgeschichte.

Historische Wehranlage

Mühlhausen gehört zu den wenigen Städten, die noch über einen nahezu vollständigen mittelalterlichen Stadtmauerring verfügen. Von den ursprünglich 2,8 km Länge haben sich 2,2 km und eines von vier Haupttoren – das Innere Frauentor – erhalten. Von der Stadtseite dieses Tores aus können die museal gestalteten Befestigungsanlagen über eine Länge von 370 Metern besichtigt werden. Ein herrliches Panorama Mühlhausens und der Umgebung bietet sich von der Aussichtsplattform des Rabenturms. Im Ausstellungsbereich werden die Wehrgeschichte der Stadt, die Festkultur und die zahlreichen Stadtbrände, die Mühlhausen ereilten, thematisiert. Ein Stilzimmer mit historischer Ausstattung vermittelt einen Eindruck biedermeierlicher Hauskultur.

Museum Allerheiligenkirche

Die Allerheiligenkirche wurde nach grundlegender Restaurierung 1989 zur Nutzung als Museumsgalerie an die Mühlhäuser Museen übergeben. Aufgrund ihrer reichen kulturhistorischen Ausstattung erhielt sie einen Ausstellungsbereich zur Bau- und Restaurierungsgeschichte und zur barocken Innengestaltung. Bis 2010 präsentierten die Mühlhäuser Museen hier außerdem Druckgrafik des 20. Jahrhunderts aus der Sammlung Thüringer Kunst sowie druckgrafische Techniken. Seit der Wiedereröffnung des Kulturhistorischen Museums 2014 befindet sich die Dauerausstellung zum Kunstraum Thüringen im dortigen Westflügel.
Das Museum Allerheiligenkirche ist wegen baubedingter Umnutzung derzeit geschlossen.