Über die wechselvolle Bau- und Restaurierungsgeschichte der ehemaligen Klosterkirche informiert die Ausstellung in der Gruft. Fast 300 Jahre lang diente das Gebäude als Gotteshaus des Franziskanerordens, der sich im Mittelalter in der Stadt niederlies. Im Bauernkrieg war die Kirche sogar ein Hauptort des Geschehens. 1802 wurde das Gebäude profaniert und diente zunächst als städtische Waage und Kornmagazin, später sogar als Bauhülle für Büroräume und Wohnungen. In den Jahren 1973 bis 1975 fanden grundlegende Restaurierungsarbeiten statt, deren Abschluss die Gründung der Zentralen Gedenkstätte „Deutscher Bauernkrieg“ 1975 bildete.